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Características epidemiológicas de los eventos de infección por SARS-CoV-2 omigran y variante delta en Cantabria, España

En un estudio reciente publicado en Crecientes enfermedades infecciosas.Los investigadores realizaron una evaluación comparativa de las características epidemiológicas clave, como las tasas de ataque secundario (SAR), la propagación, el intervalo de serie y el período de incubación de las infecciones agudas por coronavirus respiratorio agudo (SARS-CoV-2) por los tipos Omigron y Delta.

Estudio: Tasa de ataque secundario, periodos de transmisión e incubación e intervalo continuo de SARS-CoV-2 variante Omicron, España. Haber de imagen: Arindo/Shutterstock

Según el Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), el seguimiento de contactos en la región de Cantabria de España en diciembre de 2021 detectó 622 casos y 455 infecciones secundarias de Omigran y 1420 vínculos cercanos.

Sobre el estudio

En el presente estudio, los investigadores informaron características epidemiológicas importantes como SAR, transmisión, intervalo de serie y período de incubación de las infecciones por omigración en España. Compararon estas características con las infecciones delta.

Reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa en tiempo real (RT-PCR): un total de 63 muestras de las infecciones por omigran detectadas se sometieron a un análisis del gen del polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) centrado en las mutaciones L452R y K417N. Las muestras negativas para L4523 y positivas para K417N se consideraron infecciones por Omicron y se seleccionaron para análisis adicionales.

El análisis fue verificado además por la secuencia genética completa. Se prepararon bibliotecas genéticas y luego se clasificaron. Los datos de próxima generación se consolidaron y analizaron aún más, y las genealogías se asignaron utilizando la asignación filogenética del software denominado Global Outbreak Linages (Bangolin).

Los datos sobre las características sociodemográficas, como el estado de la vacuna (no vacunado/totalmente vacunado), la edad, la ausencia o presencia de síntomas y la fecha de inicio de los síntomas (SOD) y la fecha de diagnóstico (DD), se obtuvieron del programa de seguimiento de contactos de Condapria. Infecciones sintomáticas y asintomáticas, respectivamente. También se obtuvieron datos para 1299 infecciones delta (1708 infecciones por SARS-CoV-2) hasta noviembre de 2021.

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Los contactos cercanos (personas dentro de los dos metros del caso índice> 15 minutos a dos metros) se identificaron dos días antes y diez días después del caso índice SOD y se clasificaron como sociales, domésticos y ocupacionales según el sistema SARS. -Intercambio de CoV-2.

El SAR global se determinó como el promedio de eventos secundarios en contacto cercano. Diferencias de SAR basadas en la comunicación y en la variación entre las infecciones de Omigron y Delta en pacientes no vacunados y vacunados por Pearson X2 Análisis. Se calculó la media, intermedia, rango intermedio (RIC) y diferencias de medias para el período de transferencia, el período de incubación y los intervalos de serie para ambos tipos.

Solo se consideraron los casos sintomáticos para determinar la incubación, los intervalos de serie y los períodos de transmisión. El período de transferencia se determinó como el período entre el caso índice SOD y la fecha del último contacto con los contactos cercanos de la segunda víctima.

Solo se consideraron los casos secundarios sintomáticos para determinar los intervalos de serie y los períodos de incubación. Se determinó que el período de incubación estaba entre la fecha del último contacto y la SOD del caso secundario. El intervalo de la serie se determinó como el período entre el SOD del caso índice y el SOD del caso secundario.

Resultados

Se identificaron un total de 12.587 y 2.201 casos estrechamente relacionados y secundarios, de los cuales 356 y 1.642 casos secundarios procedían de los tipos Omigron y Delta, respectivamente.

Los SAR globales para los casos de Omicron y Delta son 39 % y 26 %, respectivamente. Esto representa un aumento completo de 13 puntos (9,9 a 16,1) en SAR por la variante Omicron. El SAR fue mayor en los sistemas sociales para Omicron que en las variantes delta (30,5 % y 16,2 %) y los sistemas profesionales (31 % y 10,5 %), pero para los sistemas domésticos (49,4 % y 48 %), respectivamente.

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En las infecciones delta, en general, las SAR fueron significativamente más altas en pacientes no vacunados (7,8 %) que en pacientes vacunados. Sus SAR para sistemas domésticos y comerciales son 9.9% y 9.5%, respectivamente. Sin embargo, para las infecciones por Omigran, no se encontraron diferencias significativas entre los pacientes que no estaban vacunados y los que no estaban vacunados para ningún contacto.

Los tiempos de transferencia medio e intermedio fueron más cortos para la variante Omigron que para la variante delta. 0,5 y 0,8 y día cero y un día respectivamente. La diferencia media entre los dos tipos fue significativa (-0,3 días), mientras que el IQR fue igual. Esto indica que Omigron es más difuso que Delta.

El período de incubación promedio fue de tres días sin diferencias significativas de medias para las variedades Omigron y Delta. Sin embargo, Omicron tuvo un IQR más corto. El intervalo medio de la serie de infecciones por Omigran fue significativamente más corto que el de las infecciones delta (4,8 días y 5,4 días). Los valores medios correspondientes fueron cuatro días y cinco días, respectivamente. Sin embargo, no hubo diferencias significativas en la transmisión, incubación o períodos de intervalo continuo entre pacientes vacunados y no vacunados.

Conclusión

Los resultados del estudio muestran que España tiene una SAR global significativamente más alta (aproximadamente 50 %) y es significativamente más prevalente que Omicron Delta en entornos sociales y profesionales con un intervalo de serie significativamente más bajo (IQR 3 vs. 5). Además, la vacuna proporcionó cierta protección contra las infecciones secundarias por SARS-CoV-2. Sin embargo, no existe un beneficio significativo de la vacunación para el período de incubación, propagación o intervalo de serie de las variedades Omigran y Delta para infecciones secundarias.

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En las etapas tempranas y asintomáticas de la infección por SARS-CoV-2, las infecciones por Omicron pueden propagarse, y el aislamiento, el seguimiento de contactos y las pruebas son imposibles porque las personas desconocen la infección. Por lo tanto, las medidas preventivas como la exclusión social y el control de las reuniones públicas son de suma importancia para minimizar la rápida y generalizada propagación de Omicron.