ONT lanzó Remora: el metil más completo

• Oxford Nanopore integra ‘Remora’: una herramienta para permitir conocimientos epigenéticos en tiempo real y de alta resolución utilizando el software de nanosecuenciación MinKNOW.
• Oxford Nanopore lanzó hoy Remora, una herramienta de análisis de metilación de alto rendimiento, en su software controlador, MinKNOW, para ampliar el acceso a la nanosecuenciación directa sin PCR que captura la metilación en todo el genoma.

oxford, reino unido Acceso / 26 mayo 2022 / a partir de hoy, Nanoporo de Oxford Los usuarios tienen fácil acceso a la detección precisa de la metilación del genoma completo a partir de la nanosecuenciación sin PCR utilizando Remora. Al integrar Remora en MinKNOW, el análisis de las modificaciones epigenéticas se vuelve perfecto porque ahora funciona en paralelo con la recuperación estándar de referencia. Esta versión complementa la simplicidad de la preparación de muestras de ADN original, que se puede realizar en solo 10 minutos con la misma ejecución, sin costo adicional. La secuenciación de nanoporos es ahora la técnica más completa para la caracterización de la metilación, y las primeras versiones apuntan a todas las regiones CpG.

Secuenciación original para una mayor comprensión epigenética

La metilación siempre ha estado dominada tradicionalmente por el uso de tratamiento con bisulfito con secuencias de lectura cortas. Si bien este método ha abierto el descubrimiento de sitios de metilación, también tiene limitaciones, lo que aumenta el costo y la complejidad de la secuenciación, debido a la necesidad de redundancia en la ejecución de la comparación base. El bisulfito no puede diferenciar fácilmente los tipos de metilación, como 5mC/5hmC, ni agregar la detección de otros tipos de modulación, como 6mA.

La solución Oxford Nanopore para la detección de la metilación de CpG ofrece una serie de ventajas. No se requiere una preparación de muestra adicional y compleja y el análisis de modificación genética se puede realizar en todo el genoma durante el experimento. Por lo tanto, no se requiere química tóxica adicional y las etapas de las modificaciones básicas se ubican en el contexto genético con la capacidad de secuenciar segmentos largos de ADN. La tecnología de nanoporos permite que el análisis de modificación básico junto con la secuenciación de nucleótidos se realicen en una sola lectura, por lo que no es necesario repetir las ejecuciones.

Los modelos Remora muestran un rendimiento mejorado a partir de un proceso de entrenamiento de aprendizaje automático muy simplificado, y mejoran el escalado de la señal, lo que da como resultado una mayor precisión de detección y una calidad de llamada filtrada que logra una precisión del 99,8 % para 5 mC en contextos CpG. Esto significa que Remora ofrece una precisión líder en la industria en la detección de metilación a partir de una sola lectura y proporciona información biológica sobre muestras eucariotas con una cobertura de solo 20X. La secuenciación de nanoporos abre la posibilidad de observar la metilación directamente en moléculas de ADN individuales y, por lo tanto, representa cómo estaban las hebras de ADN en la célula, que es probablemente la mejor y más realista forma de observar el ADN.

Marcus Stoeber, analista sénior de datos, Oxford Nanopore comentó:

«Descubrir metilo a partir de una señal de nanoporos sin procesar es una fortaleza increíble de la tecnología de nanoporos, pero extraer esta información con la resolución más alta ha sido una ardua tarea desde hace mucho tiempo. Remora altera esto y ofrece modificaciones epigenéticas al mismo tiempo con la resolución de núcleo básico más alta .” Como parte del equipo que desarrolló Remora, nos complace que ahora esté completamente integrado y disponible para todos los usuarios de Nanopore y estamos muy emocionados de ver cómo la comunidad de investigación lo incluye en sus esfuerzos de investigación pioneros”.

La secuenciación de nanoporos proporciona una plataforma única para toda su biología

Estas nuevas herramientas permitirán a los usuarios optar por secuenciar fragmentos cortos de ADN y realizar análisis de metilación de esos fragmentos en tiempo real para obtener una mayor comprensión. La metilación del ADN es un proceso mediante el cual se añade un grupo metilo a una molécula de ADN, modificando así su comportamiento pero sin alterar la secuencia. Esta modificación del ADN y su expresión génica se han estudiado en epigenética. La mayor información epigenética revelada por el análisis de metilación permite descubrimientos en una amplia gama de aplicaciones genómicas. Aquí hay dos ejemplos de la comunidad de Nanopore; Para obtener más ejemplos, visite el centro de recursos en nanoporetech.com:

Ian Henderson, de la Universidad de Cambridge, y su grupo de investigación investigaron Arabidopsis thaliana (una pequeña planta con flores) y encontró «una sorprendente supresión de la recombinación alrededor del centrómero, así como un enriquecimiento de las marcas epigenéticas, como la metilación del ADN». Esto fue notable porque solo desde el advenimiento de la secuenciación de lectura larga fue posible estudiar centrómeros en detalle; Anteriormente, estas regiones eran demasiado frecuentes para ser secuenciadas mediante secuenciación de lectura corta. vista completa aquí.

Luna Djirackor, del Hospital Universitario de Oslo, utilizó el análisis de nanoporos para mostrar el potencial futuro de clasificar los tumores cerebrales mediante la metilación en menos de 91 minutos, lo suficientemente rápido como para devolver los resultados a la mesa de operaciones durante una cirugía cerebral. Sorprendentemente, en el 60 % de las muestras secuenciadas en el estudio, la información obtenida había cambiado la estrategia quirúrgica previamente planificada, lo que demuestra cómo este enfoque tiene el potencial de mejorar drásticamente los resultados quirúrgicos en el futuro. vista completa aquí.

Rémora puede ser contactada aquí Un conjunto de datos está disponible en EPI2ME Labs para que los usuarios lo descarguen aquí.

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Contacto: [email protected]

Más información de Marcus Stoiber, analista sénior de datos, Oxford Nanopore Technologies: https://nanoporetech.com/resource-centre/video/ncm21/nanopore-methylation-better-way-mods

Secuenciación directa de ADN y ARN para análisis de metilación con nanosecuenciación (animación): https://www.youtube.com/watch?v=7PraIiiN_Gc&list=PLxpxXZj-IgXyR0it4QjoBETC5JeEanW-o&index=17

Acerca de las tecnologías Oxford Nanopore

El objetivo de Oxford Nanopore Technologies es maximizar los beneficios para la sociedad al permitir el análisis de cualquier cosa, por cualquiera, en cualquier lugar. La compañía ha desarrollado una nueva generación de tecnología de detección basada en nanoporos para análisis de ADN y ARN en tiempo real, de alto rendimiento, accesible y escalable. La tecnología se utiliza en más de 120 países para comprender la biología humana, enfermedades como el cáncer, plantas, animales, bacterias, virus y entornos completos.

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fuente: Oxford Nanopore Technologies plc

Vea la versión fuente en accesswire.com:
https://www.accesswire.com/702780/ONT-releases-Remora-Most-Complusive-Methylation