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Brasil sufre un “apagón” de seguimiento genético que dificulta el descubrimiento de nuevas cepas de Coronavirus la sociedad

Familiares de pacientes con coronavirus esperan en fila para volver a llenar sus tanques de oxígeno en Manaos, el 19 de enero.Rafael Alves / Effie

Si bien el mundo está preocupado por el impacto de las nuevas cepas del virus Corona, Potencialmente más contagiosoBrasil no sabe qué tipos de virus se están propagando por su suelo. El país realiza muy pocas pruebas y puede determinar la secuencia genética y analizar un volumen muy pequeño de estas pruebas. Esto es un reflejo de la poca inversión que históricamente se ha hecho en ciencia. Las mutaciones son comunes y no causan mucha preocupación. Pero la llamada vigilancia genética es importante, y más aún durante una pandemia. Esto indica, por ejemplo, que hay cepas más contagiosas o mortales y si pueden escapar a la protección que brindan las vacunas. También indica si las pruebas deben mejorarse para poder confirmar la infección.

La semana pasada, Japón identificó una nueva cepa del virus en viajeros del estado de Amazonas, ya que la situación se vuelve cada vez más peligrosa: a medida que avanza el COVID-19, Manaus sufre de Crisis de suministro de oxígeno a los hospitales. La identificación de la alternativa brasileña al coronavirus ilustra la dificultad del país para controlar las mutaciones. Brasil realiza cien veces menos secuenciación genética y análisis de composición del genoma completo del virus, en comparación con el Reino Unido, y es una referencia mundial en el campo. A fines del año pasado, los científicos británicos descubrieron rápidamente Variante potencialmente más contagiosa. En la actualidad, los científicos aún no pueden determinar en qué medida la nueva variante del coronavirus descubierta en Manaos fue responsable del segundo colapso del sistema de salud en Amazonas, aunque existe una alta posibilidad de que esto haya tenido algún efecto.

Cuando Japón lanzó la alarma el 10 de enero sobre Variable Manaus, El grupo de investigadores de la Fundación Pública Oswaldo Cruz (Fiocruz), que trabaja en Amazonas para hacer vigilancia genética, acaba de completar la secuenciación de algunas muestras de noviembre. Desde marzo de 2020, el grupo trabaja simultáneamente en la secuenciación genética y el diagnóstico a través del análisis clínico. Los investigadores se vieron abrumados por la primera gran ola de la enfermedad, que pasaron tres meses sin ningún progreso en el seguimiento. Solo cuando los casos disminuyeron, el grupo pudo reanudar las actividades y volver a analizar las muestras de casi todos los municipios. Con la alerta japonesa, estos investigadores compararon muestras de ese país con la secuencia de noviembre y confirmaron que el origen de este linaje -potencialmente más contagioso- es el mismo que el de la Amazonía.

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Eso fue sorprendente. Porque teníamos la secuencia hasta noviembre, la vimos originada en el mismo grupo, pero con muchas mutaciones en poco tiempo, dice Felipe Nfica, investigador y subdirector de investigación e innovación del Instituto Leonidas y Maria Dean (ILMD / Fiocruz Amazonas). Ahora, el grupo está trabajando en la secuenciación del virus en muestras de pacientes que se infectaron en diciembre para ver si esta variante, a fines del año pasado, estaba realmente en circulación y contenía mutaciones similares. Los de Sudáfrica y Reino UnidoY otros aún no conocemos su efecto.

Otros estudios describieron mutaciones que se encontraron en estos países y hasta el momento se ha señalado su mayor fuerza infecciosa en relación al coronavirus que se identificó en Wuhan (China) en diciembre de 2019, pero el cuadro clínico de los pacientes no parece ser el caso. Más serio, dice Naveca. Sin embargo, el gobierno del Reino Unido dijo este viernes que Hay indicios de que la nueva alternativa puede ser más mortal.

“Es posible que esta nueva variante haya adquirido mutaciones que podrían estar relacionadas con la infección más rápida que escapa de los anticuerpos, pero también con otro conjunto de mutaciones que aún no sabemos exactamente qué están haciendo”, explica el científico Nuno Varia del Centro Brasil. Solicite Arbovirus Discovery, Diagnostics, Genomics and Epidemiology (Cadde), que trabaja con investigadores de la Fiocruz. Los científicos continúan estudiando si la nueva variante es más contagiosa y si puede escapar de la respuesta inmune de quienes ya han contraído COVID-19. Fiocruz fue descubierta el miércoles pasado El primer caso de reinfección. Para la nueva variante del coronavirus en Amazonas.

También se están estudiando otros factores que pueden explicar la exacerbación de la pandemia en este momento, como las infecciones navideñas y las enfermedades estacionales causadas por virus respiratorios. Entre noviembre y abril de la temporada históricamente lluviosa hay un aumento de infecciones virales en el estado. Desde noviembre, estamos viendo un aumento que ya está comenzando a entrar en pánico. Las celebraciones de fin de año y las protestas para reabrir el comercio coincidieron con la circulación de una especie más contagiosa ”, explica Navika.

“Oscurecimiento” en la secuencia genética

Esta variable preocupa a la comunidad científica brasileña, especialmente por el contexto del país, que no ha podido implementar políticas efectivas de control de infecciones, y a medida que la epidemia se agrava, se encuentra bajo una gran presión en el hospital.

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El caso del estado de Amazonas es un ejemplo de algún tipo de oscurecimiento de los datos genómicos del Coronavirus en Brasil. Durante la pandemia, el país está fortaleciendo las redes que operan en la secuencia genética. Hay varios grupos que trabajan en este sentido, vinculados a los Ministerios de Salud, Ciencia y Tecnología, algunos de ellos en colaboración con Cadde. Sin embargo, solo el 0,024% de los casos confirmados se han secuenciado en Brasil, mientras que en el Reino Unido es del 5% y en Sudáfrica es del 0,256%. “Brasil está haciendo algunas pruebas, incluso menos secuencias. Todo esto es un reflejo de una falta histórica de inversión”, explica Navarro. Los recursos que se destinaron a la ciencia el año pasado, cuando se extendió la pandemia, eran un 65% menos que en 2015, cuando comenzaron los recortes en la región. Las perspectivas para este año también son dramáticas. “En Brasil, tenemos los recursos para hacer un número limitado de muestras”, dice la investigadora Anna Teresa Vasconcelos del Laboratorio Nacional de Computación Científica.

El grupo de Fiocruz en Amazonas ha secuenciado 190 genomas hasta ahora. “Podemos hacer más, pero tenemos trabajo de diagnóstico y los recursos aún están lejos de ser necesarios”, explica Naveca. Los problemas para ampliar el alcance del trabajo van más allá de la falta de equipamiento. “El cuello de botella es invertir en reactivos y personal. Yo digo, en secuencia, estamos en un nivel medio a bajo”, dice el investigador. La depreciación del riyal frente al dólar en los últimos meses ha obstaculizado la labor del grupo de investigación, ya que todos los materiales que necesitan son importados. “Con los recursos que tenemos, podemos comprar la mitad de lo que compramos antes. En el Amazonas, luchamos mucho con eso”, dice. Naveka dice que el año pasado el grupo prácticamente no tenía materiales y tuvo que pedirle a la Fuerza Aérea que los trajera. Necesitamos importar Muchos de estos materiales no están disponibles para entrega inmediata, agrega Vasconcelos, que puede llevar de 30 a 60 días importarlos.

En los últimos meses, el trabajo de monitoreo de genes en Brasil se ha retrasado, según Fernando Spilke, investigador y profesor de virología de la Universidad de Feevale y coordinador de la Red Corona-omic, que el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación ha creado durante la pandemia para dirigir los esfuerzos de secuenciación. “Hubo un movimiento al principio que generó más secuencias, con los esfuerzos de las redes internacionales. Después de eso, no hubo mucho y ahora estamos comenzando a recuperar el tiempo perdido. Spilke afirma que está expandiendo la red y la cantidad de personas involucradas en este trabajo para brindar respuestas más rápidas”. En las secuencias a la tasa del Reino Unido, que alcanzó las 7.000 secuencias en un día. Pero estamos trabajando para ampliar nuestra capacidad. Por el momento, estamos preocupados, ya que estamos organizando tantos genomas como sea posible y vemos cuáles podrían ser de nuestro interés “.

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Fue este seguimiento el que permitió, por ejemplo, identificar una nueva cepa en Río de Janeiro en julio, que prevaleció en nuevos casos de covid-19 de Estado de Rio Grande do Sul. Este seguimiento permite rastrear el curso del virus, pero también es importante saber si es necesario mejorar las herramientas de diagnóstico existentes para detectar nuevos casos. “Si se produce una mutación en una zona del virus que reconoce la prueba, puede dar un resultado falso negativo. Con esta información es posible modificarla y hacer que la prueba vuelva a funcionar”, explica Naveca.

En cuanto a la vacunación, el seguimiento genético también es importante, ya que pueden desarrollarse mutaciones alejadas de la protección que proporciona el sistema inmunológico, que luego debe mejorarse. “Hasta el momento, ninguna de las variables reduce la eficacia de las vacunas”, advierte Anna Teresa Vasconcelos. El experto explica que se han observado mutaciones en la proteína pico, donde funcionan muchas vacunas, pero interferir con esta protección es más complicado: “Aunque algunas [mutación] Dijo que estas vacunas son muy dañinas y se fabrican de una manera que se puede adaptar.

Comenzar a vacunar a una población podría reducir el tamaño de la mutación. Cuanto menos se propaga el virus, menos personas lo transmiten. Para sobrevivir hay que seguir infectado ”, explica Vasconcelos, en este sentido será importante la política para contener la infección. Necesitamos vacunas urgentemente, así como medidas más restrictivas. Necesitamos contener esto para que el virus no siga diversificándose y tengamos un problema en el futuro con las vacunas ”, concluye Sapelke.